Běžná datová zpráva je uložena v ISDS tak, že k jejímu obsahu nemá Správce ani Provozovatel přístup. Pokud oznamovatel požaduje, aby byla provedena analýza podezřelé datové zprávy, je nutné nejprve udělit Správci ISDS souhlas s přístupem k obsahu zprávy za účelem jeho prozkoumání.
Pokud bude souhlas udělen, systém zprávu uloží do interního úložiště. Obsah zprávy je zašifrován, přičemž plný přístup k němu (včetně příloh) mají jen určení bezpečnostní analytici. Doba uložení oznámené zprávy je 3 roky, poté se informace o oznámeních mažou.